O edifício original da nossa escola foi projetado e construído entre 1957 e 1961 por Júlio do Nascimento Casais, João Sousa Araújo e Luís Fernandes Pinto, ao abrigo da quarta fase do Plano dos Centenários em Lisboa (um programa de construção de grande escala para colmatar a falta de escolas no país).  

A sua planta estende-se em declive, na parte baixa da colina que une o Jardim da Estrela à Rua de São Bento. A entrada é pela Travessa de Santa Quitéria e com as traseiras coladas ao Clube Nacional de Natação. O edifício geminado com duas fachadas, dois pátios e duas entradas, tinha como objetivo separar os meninos das meninas, quando o ensino se fazia assim. Cada pátio tem até um mural de azulejos da autoria de Querubim Lapa ilustrando essa separação. Depois do 25 de Abril, as duas alas passaram a separar os primeiros dos últimos anos do ensino básico. Todas estas circunstâncias tornam este edifício único, com um intrincado sistema de comunicação entre os blocos e a adaptação à inclinação do terreno entre a malha urbana e escarpas verdes. 

Chegou a ser sede de delegação escolar antes de passar para o Agrupamento de Escolas Padre Bartolomeu de Gusmão. Mudou também da designação Escola primária n.º 165 para Rainha Santa Isabel, em homenagem à antiga denominação da freguesia onde se encontrava.

Devido ao seu agravado estado de deterioração, a nossa escola encontra-se deslocalizada desde março de 2021, enquanto prossegue a reabilitação do edifício, funcionando entretanto em monoblocos no antigo Mercado do Rato com entrada pela Rua Rodrigo da Fonseca, junto ao n.º 55, 1250-190 Lisboa. Tem como vizinhos os cantoneiros da Junta de Freguesia de Santo António, a loja de solidariedade Dona Ajuda e o projeto P.R.A.Ç.A. – Polo da Reviravolta Ambiental Cultural e Artística, fruto de uma parceria entre a Dona Ajuda e a POUSIO – Arte e Cultura.